Два года прошло с тех пор, как Сэм выбрался из Системы и стал руководителем Энкома. Его отношения с Кворрой в самом расцвете, пара планирует свадьбу. Также, заняв пост руководителя компании отца, младший Флинн, совместно со своей подругой, начали программу по восстановлению популяции изморфоф в Системе. Ввиду того, что процесс этот довольно сложный и требует много знаний, на выполнение поставленой цели ушло много времени.
Тем временем в Системе жизнь тоже не стоит на месте. Казалось бы Клу мертв и все, конец всему? Но нет. Ни он, ни Кевин Флинн не умерли, как думали многие. Кевин - Создатель, и его силы хватило, чтобы выжить после реинтеграции .А Клу восстановили на том же самом месте, где он был уничтожен. Кто? - спросите вы. А вот кто- девушка-пользователь, единственная в своем роде на службе у Короля Системы. Она когда-то была лучшей подругой младшего Флинна и именно вслед за ним ( с разницей в несколько минут) она и попала в Систему. Произошло невозможное - в Клу взыграли чувства к пользователю, и поэтому он оставил девушку при себе. Но речь не об этом! После провала его плана по захвату мира, Клу находится в ярости, но ему преподносят ценный совет - узнать недостатки мира Пользователей извне. Клу отправляется в реальный мир, чтобы найти в нем слабые места и использовать их при будущем планировании захвата.
Однако, едва только узурпатор покидает свой мир, в системе начинают происходить различные бунты и мятежи. Они исходят от группировки - Red Vellians, которую не устраивают ни Клу, ни Флинн. Этот клан намерен уничтожить обоих и прибрать власть над программами к своим рукам. Верховодит этим кланом Кнорра - жестокая и злобная девушка-программа, в которой нет никаких положительных эмоций. Она задумывает похищение сподручной Клу, чтобы заманить его в Систему, а также планирует и вычисляет примерное местонахождение Флинна-старшего. Тот вынужден просить сына о помощи, ведь с каждым днем Кнорра все ближе и ближе к его укрытию.
Однако глупо было бы предположить, что Клу оставит ценного советника без защиты? Конечно, не оставит. На ее охрану брошены все силы, но на горизонте появляется тот, кто должен стать камнем преткновения для Короля. Это обычная на вид программа, которая влюбляется в девушку-пользователя. И теперь судьбы обоих тесно сплетаются.
Одновременно, в реальном мире сообщения о призыве вернутся в Систему получают Клу и Сэм. Они стремятся в цифровой мир, не зная, что там их ждет: либо победа, либо поражение. Система на грани войны. На кон поставлена судьба и нашего мира, и обитель программ. Кто знает, насколько далеко простирается жажда власти клана Red Vellians? И что ждет всех: война или гибель?